Về việc xây dựng chùa, đến nay không tìm thấy nguồn tài liệu nào ghi chép cụ thể và chính xác. Tuy nhiên, theo Vĩnh Phúc tự bi ký cho biết, chùa được xây dựng ở một nơi “thoáng đãng mà đẹp đẽ” thuộc phía đông núi Trinh Sơn là nơi Sơn Lăng của vua Lê Ý Tông. Chùa có ba miếu thổ thần, đều dùng để thờ cúng. Mặc dù văn bia không ghi chép chùa được xây dựng từ năm nào cũng như tại sao phải di chuyển đến vị trí ngày nay nhưng cho chúng ta biết, đến năm Ất Tỵ, niên hiệu Thiệu Trị thứ 5 (1844), chùa vẫn còn tọa lạc ở vị trí cũ, sau này chùa mới được di chuyển đến vị trí hiện tại nhưng nơi này không có ba ngôi miếu thổ thần. Vào mùa xuân năm Ât Tỵ, niên hiệu Thiệu Trị thứ 5 (1844), chùa được một vị quan lấy vợ là người trong bản ấp và nhân dân phát tâm cung tiến gỗ trùng tu, do lâu ngày chùa đã gần sụp đổ. Cùng với sự giúp đỡ của binh lính trong bản ấp đúc một quả chuông lớn. Qua sự kiện này, chúng ta biết chắc chắn chùa được xây dựng trước năm 1844 rất lâu nên mới bị hư hỏng, xuống cấp nặng và phải trùng tu lại.

Văn bia chép như sau: “XãPhù Nguyên, huyện Thụy Nguyên xưa là ấp Trinh Sơn, huyện Lương Giang, được khai mở từ triều Lê. Ban đầu được tặng cho tên là Phù Lê, sau đổi thành Lê Vi. Nguyên ấp ấy có một núi đất gọi là Trinh Sơn, sơn lăng vua Lê Ý Tông đặt tại đó. Ở phía đông núi có chùa gọi là chùa Vĩnh Phúc, từ xưa đã là một danh lam. Tương truyền trên núi thoáng đãng mà đẹp đẽ, vì thế đã chọn nơi đây để dựng chùa. Dấu tích xưa, sương mờ khói tỏ cho nên không thể không yêu kính.

Gần đây có một quý quan lấy người bản ấp, phát tâm cung tiến gỗ trùng tu. Vì lâu ngày (chùa) đã gần sụp đổ, cả ấp bàn bạc cùng chung sức trùng tu. Quyên góp thêm của cải của khách thập phương, cộng thêm sự giúp đỡ của binh lính trong ấp đã phục đúc một quả chuông lớn để thể hiện sự đồng lòng của mọi người.

Vào mùa xuân năm Ất Tỵ, bắt đầu tiến hành, trải đến mùa hạ công việc hoàn thành. Chùa có ba miếu Thổ thần, tất cả đều dùng làm nơi thờ cúng, đã được sửa chữa, trùng tu và đúc được quả chuông lớn, âm thanh vang khắp huyện hạt, tạo nên âm hưởng to lớn ở nơi cổ tích, càng làm cho danh thắng thêm tươi đẹp, tráng lệ. Người trong ấp vui mừng vì công việc dã được hoàn thành, nhân đó lập bia để ghi chép sự việc...”Bia dựng vào ngày tốt cuối Thu năm Ất Tỵ, niên hiệu Thiệu Trị thứ 5 (1844)...

Từ những nguồn tài liệu nêu trên, chúng ta biết đây là một ngôi chùa cổ có từ rất lâu đời và được xây dựng ở một nơi có địa thế, cảnh sắc thiên nhiên đẹp nổi tiếng lúc bấy giờ: đó là nơi có núi, có sông, thật xứng đáng là một thắng tích không thể không yêu mến. Không chỉ vậy, qua ghi chép trên bia về việc Nhân dân, phật tử thập phương cung tiến để trùng tu lại chùa khắp từ miền Bắc trở vào đến miền Trung cho thấy được sự nổi tiếng của chùa lan rộng khắp nơi.

Di tích chùa Vĩnh Phúc không chỉ liên quan đến sinh hoạt tôn giáo của nhân dân thôn Nguyên Thành xã Thiệu Nguyên, huyện Thiệu Hóa mà ở đây còn lưu giữ những nét đẹp về văn hóa truyền thống làng xã của người Việt ngày xưa để lại. Đặc biệt, vị trí chùa tọa lạc là nơi có địa thế của một danh lam thắng cảnh như văn bia chùa đã ghi chép lại cho thấy, chùa Vĩnh Phúc có giá trị nhiều mặt. Việc tổ chức lễ hội và sinh hoạt tôn giáo của nhân dân nơi đây hằng
năm, thường vào các dịp lễ, tết, ngày Rằm, mồng Một. Đặc biệt, vào các ngày 15 tháng 4 (Phật Đản) và 15 tháng 7 Âm lịch (lễ Vu Lan báo hiếu), nhân dân, phật tử xã Thiệu Nguyên, huyện Thiệu Hóa nói riêng và khách thập phương gần xa đều đến di tích thành kính dâng hương lễ phật long trọng với mong muốn cầu cho gia đình ấm no, hạnh phúc, cuộc sống thanh bình, an lạc. Truyền thống này đã ăn sâu vào tâm thức của nhân dân thôn Nguyên Thành, xã Thiệu Nguyên nói riêng cũng như nhân dân và phật tử quanh vùng.

          Ngoài ra, chùa Vĩnh Phúc còn được bảo tồn một kiến trúc mang đậm dấu ấn kiến trúc thời Nguyễn. Thành tựu đó đánh dấu khả năng lao động, sáng tạo của người xưa trong quá trình xây dựng và phát triển làng xã trên mảnh đất Thiệu Nguyên nói riêng và đất nước ta nói chung. Những mảng chạm khắc trên kiến trúc... là những tác phẩm nghệ thuật phản ánh tư duy thẩm mỹ của người đương thời, giúp các nhà nghiên cứu có thêm tư liệu để tìm hiểu thêm về truyền thống mỹ thuật dân tộc ở một địa phương, đồng thời làm cơ sở phục vụ trong việc tu bổ, tôn tạo di tích này. Đặc biệt, tấm bia đá lưu giữ tại chùa là nguồn tư liệu quý giá để tìm hiểu về sự phát triển tín ngưỡng Phật giáo ở vùng đất này cũng như quá trình xây dựng và phát triển quê hương Phù Nguyên thời Nguyễn trong tiến trình lịch sử dân tộc.

Chùa Vĩnh Phúc hiện đang được chính quyền, nhân dân địa phương bảo quản và phát huy tốt các giá trị. Những năm gần đây, do được sự quan tâm của bà con nhân dân, các phật tử, đặc biệt là chính quyền địa phương, từng bước di tích chùa Vĩnh Phúc đã được trùng tu, tôn tạo ngày một khang trang, bề thế, đáp ứng nguyện vọng của bà con nhân dân và các tín đồ phật tử, nhân dân đến viếng thăm và lễ phật ở di tích ngày một đông. Các hạng mục như: chùa chính, sân, khuôn viên của chùa Vĩnh Phúc mặc dù đang được chính quyền địa phương, nhân dân bảo vệ và phát huy tốt các giá trị nhưng do trải qua nhiều biến cố thăng trầm của lịch sử nên một các hạng mục công trình này hiện vẫn chưa được tu bổ, tôn tạo lại theo đúng diện mạo vốn có của chùa xưa. Không gian sinh hoạt, diện tích ngôi chùa bị thu hẹp không đáp ứng nhu cầu sinh hoạt và phát huy giá trị di tích. Do đó, trong những năm tiếp theo, để di tích được phát huy tốt các giá trị cũng như góp phần trả lại diện mạo vốn có của chùa xưa; chính quyền địa phương, cùng với nhân dân, khách thập phương cần có phương án tiến hành khảo sát lập hồ sơ quy hoạch, tu bổ, tôn tạo lại, nhằm phát huy có hiệu quả các giá trị di tích và đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tín ngưỡng của nhân dân và khách thập phương.

(Trích yếu: Lý lịch di tích LSVH chùa Vĩnh Phúc, xã Thiệu Nguyên, năm 2012)